[시행 2020. 1. 1.] [법률 제16845호, 2019. 12. 31., 일부개정]

◇ 개정이유
  재화의 공급규정 중 신탁재산의 매매에 관한 납세의무자 규정을 보완하고, 음식점업을 경영하는 개인사업자에게 적용하는 면세농산물 등의 의제매입세액 공제특례 적용기한을 연장하며, 면세농산물 등 의제매입세액의 공제 또는 대손세액의 공제를 받을 수 있는 요건을 개선하고, 지방재정의 확충을 위하여 지방소비세에 대한 배분비율을 상향 조정하는 한편,
  공제하지 아니하는 매입세액의 범위를 명확히 하고, 예정고지ㆍ부과 납부 대상을 확대하며, 세금계산서 발급과 관련된 가산세 부담을 완화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

◇ 주요내용
  가. 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 지정개발자인 수탁자가 재개발사업ㆍ재건축사업 또는 가로주택정비사업ㆍ소규모재건축사업을 시행하는 과정에서 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁자가 재화를 공급하는 것으로 봄(제10조제8항).

  나. 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 적은 경우 공제하지 아니하는 매입세액은 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액임을 명확히 함(제39조제1항제2호).

  다. 과세표준 2억원 이하의 개인사업자인 음식점업자에게 적용하는 면세농산물 등의 의제매입세액 우대공제율(109분의 9)의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 유흥주점 등 과세유흥장소의 경영자에게 적용되는 면세농산물 등의 의제매입세액 공제율을 104분의 4에서 102분의 2로 인하함(제42조제1항).

  라. 사업자가 부가가치세 확정신고 이후에 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류 또는 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출한 경우에도 면세농산물 등 의제매입세액의 공제 또는 대손세액의 공제를 적용받을 수 있도록 함(제42조제2항 및 제45조제2항).

  마. 납세지 관할 세무서장이 직전 과세기간에 대한 납부세액의 50퍼센트를 징수하는 예정고지ㆍ부과 납부 대상에 대통령령으로 정하는 법인사업자를 추가함(제48조).

  바. 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 자신의 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급한 경우 부과하는 가산세율을 공급가액의 2퍼센트에서 1퍼센트로 하향 조정함(제60조제2항제2호).

  사. 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급하거나 발급받은 경우에는 그 세금계산서 등에 적힌 "공급가액"의 3퍼센트가 가산세로 부과됨을 명확히 함(제60조제3항).

  아. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서 등의 공급가액을 과다하게 적은 경우 사실과 다른 세금계산서 발급에 따른 가산세는 적용되지 아니함을 명확히 함(제60조제9항).

  자. 지방재정 확충을 위하여 지방소비세로 배분되는 부가가치세액을 납부세액의 15퍼센트에서 21퍼센트로 상향 조정함(제72조제1항).

입법예고 [시행 2020. 7. 1.] [대통령령 제30397호, 2020. 2. 11., 일부개정]

입법예고 [시행 2021. 1. 1.] [법률 제16845호, 2019. 12. 31., 일부개정]

입법예고 [시행 2023. 7. 1.] [대통령령 제33271호, 2023. 2. 28., 일부개정]

[시행 2023. 10. 19.] [기획재정부령 제1021호, 2023. 10. 19., 일부개정]

◇ 개정이유 및 주요내용

  벤처투자를 활성화하기 위하여 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원이 민간재간접벤처투자조합에 제공하는 자산 관리ㆍ운용 용역에 대하여 부가가치세를 면제하는 등의 내용으로 「부가가치세법 시행령」이 개정된 것에 맞추어, 민간재간접벤처투자조합의 공동 업무집행조합원이 집합투자업자인 경우에는 그가 민간재간접벤처투자조합에 제공하는 모든 자산 관리ㆍ운용 용역에 대해 부가가치세를 면제하고, 공동 업무집행조합원이 투자매매업자 또는 투자중개업자인 경우에는 그가 민간재간접벤처투자조합에 제공하는 자산 관리ㆍ운용 용역 중 다른 벤처투자조합에 대한 출자와 관련한 자산 관리ㆍ운용 용역에 한정하여 부가가치세를 면제하려는 것임.

입법예고 [시행 2024. 1. 1.] [대통령령 제33271호, 2023. 2. 28., 일부개정]

[시행 2024. 7. 1.] [기획재정부령 제1055호, 2024. 3. 22., 일부개정]

[일부개정]

◇ 개정이유 및 주요내용
  의료보건사업 지원을 강화하기 위해 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역의 대상을 기획재정부령으로 정하는 법령에 따라 국가 및 지방자치단체로부터 의료보건 용역을 위탁받은 자가 제공하는 의료보건 용역으로 확대하는 등의 내용으로 「부가가치세법 시행령」이 개정된 것에 맞추어, 「산업안전보건법」에 따라 노무제공자의 건강을 유지ㆍ증진하기 위한 시설의 설치ㆍ운영 업무를 위탁받은 자가 제공하는 의료보건 용역에 대해서도 부가가치세가 면제되도록 하는 한편,
  연구개발 사업의 원활한 수행을 지원하기 위해 과학용 재화 수입 시 부가가치세가 면제되는 과학기술 연구개발 시설의 범위에 「한국해양과학기술원법」에 따라 설립된 한국해양과학기술원을 추가하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

[시행 2025. 1. 1.] [법률 제20614호, 2024. 12. 31., 일부개정]

◇ 개정이유
  부가가치세 면제 대상에 치료ㆍ예방ㆍ진단 목적으로 조제한 동물의 혈액 공급을 추가하고, 전자세금계산서 발급 전송에 대한 세액공제 특례 기한을 연장하며, 조세회피 방지를 위해 납세지 관할 세무서장 등이 부가가치세를 수시부과할 수 있는 근거를 마련하고, 명의위장 사업자에 대한 가산세율을 상향 조정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완함.

◇ 주요내용
  가. 동물의 혈액 공급에 대한 부가가치세 면제(제26조제1항제5호)
    부가가치세 면제 대상에 치료ㆍ예방ㆍ진단 목적으로 조제한 동물의 혈액 공급을 추가함.

  나. 전자세금계산서 발급 전송에 대한 세액공제 특례 기한 연장(제47조제1항 및 제63조제4항)
    직전 연도의 사업장별 재화 및 용역의 공급가액의 합계액이 3억원 미만인 개인사업자 등이 전자세금계산서를 발급하는 경우 일정 금액을 해당 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 있도록 하는 전자세금계산서 발급 전송에 대한 세액공제 특례 기한을 ‘2024년 12월 31일까지’에서 ‘2027년 12월 31일까지’로 3년 연장함.

  다. 수시부과 제도 신설(제57조의2 및 제68조제2항 신설)
    납세지 관할 세무서장 등은 사업자가 과세기간 중에 재화 또는 용역을 공급하지 않고 세금계산서 또는 신용카드매출전표를 발급하는 등의 경우에는 해당 과세기간의 개시일부터 수시부과 사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 하여 그 사업자에 대한 부가가치세를 부과할 수 있도록 함.

  라. 명의위장 사업자에 대한 가산세율 상향 조정(제60조제1항제2호 및 제68조의2제1항)
    명의위장 사업자인 일반과세자에 대한 가산세율을 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 ‘1퍼센트’에서 ‘2퍼센트’로, 명의위장 사업자인 간이과세자에 대한 가산세율을 ‘0.5퍼센트’에서 ‘1퍼센트’로 상향 조정함.

[시행 2025. 7. 1.] [법률 제20776호, 2025. 3. 14., 일부개정]

◇ 개정이유 및 주요내용
  온라인 거래에 대한 세원 투명성을 강화하기 위하여, 통신판매업자의 판매 대행ㆍ중개 등과 유사한 사업을 수행하는 비거주자 또는 외국법인에게도 거래명세자료를 분기별로 제출할 의무를 부여함.